事实上，男主并没有死，只不过是试飞的时候出了问题，濒临脑死亡，军方对外声称他已经死完了。
不过虽然没死，但跟死了也没什么区别，他只剩下一个大脑在仪器的维持下存活，并且接入了源代码来查找凶手。源代码是一段程序，里面是死者之一柯蒂斯的记忆片段，基地通过技术手段把男主角的意识连接上这段程序，也可以说这个世界都是男主基于柯蒂斯记忆片段的想象。
不过威尔觉得应该没有这么简单。
如果说源代码只是柯蒂斯的记忆，那男主在这个世界中却下了车，在车站跟人打了架，这作何解释？按理说在柯蒂斯的记忆当中可没有这些片段。
还有，男主的任务是找到安装炸弹的凶手，但如果柯蒂斯连安装炸弹的凶手都没见过，男主又怎么在柯蒂斯的记忆中找到凶手呢？
所以说，这个源代码肯定不仅仅是记忆这么简单。
……
后来经过多次循环，男主终于找到了凶手，对方是个想要重建世界的狂热分子。
找到凶手，男主的任务也就完成了。
任务完成，源代码也就要关了，但是男主却想继续留在源代码里面生活，但是女军官告诉他源代码只是一段程序，对现实世界不会有任何改变，如果男主想要留在源代码里面，只会跟着这段程序一起消失。
不过男主执意要这么做，毕竟对于他来说，现实世界已经没有任何意义了，而女军官也心软答应了他。
的最后，男女主拥吻在一起，女军官关掉了男主的生命维持一起，而源代码的世界也定格在了八分钟的最后一秒。
到这里，故事结束。
看到这个结局，小威尔愣了一下，因为这个结局并不完美。
男主活了么？或者说，源代码的世界继续运行了么？根本没有交代，这是一个开放式的结局。
虽然明知道开放式结局是正常的，但是小威尔还是感觉怅然若失，他非常希望男女主能够在源代码的世界里面继续生活下去，但理智告诉他，这种可能性又不太大，源代码只不过是一段记忆而已，能够查出凶手已经不可思议了。
在于东的众多科幻里面，《源代码》的这种无限流算是比较软的科幻了，虽然书里面对于源代码作了很多科学解释，但还是不够严谨，很多问题都没办法用书里面给出的理论解释清楚。
当然了，这部吸引人的点也不在于科幻部分，它看起来更像是一部悬疑，虽然故事大部分
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